STRING：蛋白相互作用数据库的使用

夏末汀芷

蛋白相互作用分析的数据库有很多，至于为什么选择STRING，还是在于其强大的可视化，以及自定义功能。这样我们可以得到数据结果的同时，还可以得到相对好看的图。下面我们就来介绍一下STRING 数据库如何使用吧~
基本检索

我们在打开数据库之后，在菜单栏可以看到很多种来进行相互作用关系预测的选项。如果我们有一个目标蛋白，想要查看这个蛋白的可能的相互作用蛋白可以选择Protein by name；如果我们有很多蛋白，想要查看这些蛋白之间的相互作用关系，那就可以选择Multiple proteins。



由于我们在之前的差异表达分析的时候，可以得到很多基因，所以我们这里选择Multiple proteins来进行下一步分析。这里我们需要的输入的就是基因名即可，基因名与基因名之间通过通过换行来间隔。另外需要做的就是选择目标物种，由于我们做的是人的分析，所以选择人即可。



接下来点击SEARCH即可。这个时候需要注意的是，点击完之后，页面会马上弹出来。但是对于目标蛋白是不是全部都输入全了。我们需要一直往下拉页面，在最下面看到continue这个按钮。点击最下面这个才算是加载完了。


我们点击完之后，就可以看到直接分析的结果了。
结果介绍

首先我们看到的分析结果是就是一个相互作用网络的图。对于这个网络，我们可以通过鼠标来拖动每个node。来使得图形更好看一些。这样也可以导出来直接用了。



下面就是关于这个网络的这种设定以及自定义了。

图例（legend）
首先我们可以看到对于结果的注释，里面标注了不同的node和不同的edges代表什么。（如果不知道node和edge是什么，建议看一下昨天的帖子哦。）






设定（setting）
在设定里面，我们可以设置自定义来设定不同的结果。我们可以选择不同的数据来源，可以设定相互作用的界限以及设定网络图的设置。





分析（Analysis）
对于输入的基因，这个数据库也是可以进行GO和KEGG分析的。另外呢，由于是网络分析，所以对于网络的基本信息也是有简单的描述的。





导出（Exports）
对于网络的结果，我们可以在导出当中导出相关的结果。其中就包括，一开始看到的网络图，以及包含网络edge信息的数据结果。



写在最后：

基本上对于STRING的蛋白相互作用分析就是这么多。这个只是通过数据库确定基因之间的相互作用关系，但对于寻找核心基因，还没进行查找。明天我们来介绍一下如何进行核心基因的查找。

闲操心

你好，请问在string输入基因，选择智人后，显示“发现了多个与“æ??ºäººº”匹配的生物。请进行更具体的选择。” 无法进行下一步该如何操作？

铁头宏

请问它可以导出成sif格式吗

泡菜奶酪微笑

请问可以分析病毒的吗

真的不是我

你这个怎么解决了，我也是找不出来

芙蓉仙子

请问基因数量超过两千怎么办 求助[大哭]

走漏峰声

请问如果是做microRNA之类的怎么得到蛋白名或者基因名呢

对不起我是保安

请问如何导出图例呢？

承諾只為實現

应该可以自己筛选一下

杨中华

为啥没有as a simple 那个下载的选项啊