药敏性分析数据库知多少? 生信分析强助攻，一篇推文帮你 ...

恨别离

打开一篇生信分析的文章，有一半都会做药敏性分析，通常都需要用到数据库（ps：除了免疫治疗反应哈，预测免疫治疗反应一般会用治疗队列数据），那生信里常用的药敏性分析数据库都有哪些呢？

其实这是我们尔云间直播时一位粉丝朋友的问题，药敏性分析怎么做？需要用到什么数据库？

小云估摸着这可能也是很多生信小伙伴的共性问题，所以还是秉承“粉丝的反馈提问最重要”的原则，小云本期【科研杂谈】栏目，墙裂推出“药敏性分析常用数据库集锦”推文，满足朋友们的真正需求（讲的自己都骄傲了）
*客官老爷请视察小云公号云生信学生物信息学，里面藏着980多篇的日更，原创干货，还可做各种意想不到项目
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先上点纯干货：
1. Drug Bank数据库
4. CTRP数据库
2. GDSC数据库
5. GSCALite在线分析平台
3. Cell Miner数据库
6. CMAP数据库



1. Drug Bank数据库



数据库简介：
DrugBank 是一个全面的、免费访问的在线数据库，包含有关药物和药物靶点的信息。将详细的药物（即化学、药理学和药学）数据与全面的药物靶点（即序列、结构和途径）信息相结合，结果都是有实验验证过的，真实可靠的生物信息学和化学信息学数据库。
网址：https://go.drugbank.com/

2. GDSC数据库（划重点，这个超级常用）



数据库简介：
药物敏感性基因组学项目(GDSC)是关于癌症细胞药物敏感性和药物反应分子标记的数据库，GDSC提供了一个独特的资源，结合了药物敏感性和基因组数据集，以促进发现新的治疗生物标志物的癌症治疗。该数据库中的癌基因组突变信息包括癌基因点突变、基因扩增与丢失、组织类型以及表达谱等，数据库已经对1000 种人类癌细胞系进行了表征，并用100 多种化合物对其进行了筛选。GDSC是个开源、免费的在线数据库。
网址为https://www.cancerrxgene.org/

3. Cell Miner数据库（再次划重点，也常用）



数据库简介：
CellMiner数据库，主要是通过国家癌症研究所癌症研究中心(NCI)所列出的60种癌细胞为基础而建立的。NCI-60细胞系是目前使用最广泛的用于抗癌药物测试的癌细胞样本群。CellMiner是一个免费的在线工具，为广泛研究的 NCI-60 癌细胞组的分子和药理学特征数据提供一站式资源，包括DNA、RNA、蛋白质和药理学水平的多种分子特征。
网址为https://discover.nci.nih.gov/cellminer/home.do

4. CTRP数据库



数据库简介：
癌症治疗反应门户（The Cancer Therapeutics Response Portal，CTRP)将癌症细胞系的遗传、谱系和其他细胞特征与小分子敏感性联系起来，目的是加速发现与患者匹配的癌症治疗方法。数据库生成了一个由 481 个小分子探针和药物组成的“Informer Set”，它们选择性地靶向细胞通路中的不同节点，并共同调节广泛的细胞过程，定量测量了 860 种深度表征的癌细胞系对 Informer Set 化合物的敏感性，并进行了将敏感性与癌症特征联系起来的分析，包括突变、基因表达、拷贝数变异和谱系。
网址为http://portals.broadinstitute.org/ctrp/

5. GSCALite在线分析平台



数据库简介：
GSCALite 是一个基于web的基因集癌症分析平台。GSCALite整合了来自TCGA 的 33 种癌症类型的癌症基因组学数据、来自GDSC 和 CTRP的 药物反应数据以及来自GTEx的正常组织数据，用于基因集分析的一体化数据分析工作流程。分析完成后，用户可以将所有结果和数据下载为交互式 HTML 报告。
网址为http://bioinfo.life.hust.edu.cn/web/GSCALite/

6. CMAP数据库



数据库简介：
Connectivity map (简称CMAP)，是由Broad研究所开发建构，该数据库基于164种药物/小分子化合物和过表达或基因敲除工具处理的细胞表达谱数据，借助L1000分析平台，探讨药物/小分子化合物、基因和疾病状态之间的交互网络关系。实际应用中，可将差异表达基因列表上传cMap与数据库参考基因集比对，根据差异表达基因在参考基因集富集情况获得相关性分数，数值在-100~100之间，正数表示差异表达基因与参考基因集正相关，负数差异表达基因与参考基因集负相关。

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