又全又细致的circRNA数据库使用指南，学完秒变circRNA ...

重庆牛散

CircRNA红透天际，引得一众科学家竞相追逐。然而眼下cirRNA研究的一个巨大挑战就是，可参考信息不多，数据库建设相比其他非编码（miRNA，lncRNA）相对稚嫩。

而数据库使用教程更是稀少，质量参差不齐，细致清晰可重复简直就是奢望，学习成本很高。
我一直秉承“喂到嘴边”的傻瓜教程理念，精心挑选cirRNA研究7大数据库，从基础研究到临床样本，涉及肿瘤和非肿瘤疾病数据，全方位武装头脑，让你对circRNA了如指掌！
circRNADisease数据库
表达有差异是功能意义的前提，如何挑选出文章主变量是研究的第一步。说到如何挑选主变量，怎能跳过circRNADisease？
circRNADisease数据库基于800多篇报道circRNA与疾病相关的文献，收集了330个circRNA与48种疾病之间的354对相互联系，其中肿瘤相关疾病占54%，心血管和脑血管相关疾病占27%。




circBase数据库
寻找到研究主变量后，查询其详细信息，在不同物种中的表达情况，是circRNA研究必需环节，此时circBase就派上用场了。它收集和整合基于测序数据发现的circRNA，目前包含人类、小鼠、秀丽线虫、黑腹果蝇、矛尾鱼和腔棘鱼等物种的circRNA信息，是circRNA研究比较基础和老牌的数据库。


CircInteractome数据库
CircRNA因其环状的特殊性，使其在引物设计，机制的探索研究中比其他的非编码RNA都难度更高。
CircRNA目前报道的机制多为ceRNA和cicRNA与蛋白结合。circinteractome数据库是circRNA机制研究集大成者，它整合了109个RNA-bindingproteins（RBPs）数据集并预测了circRNA与RBP结合的位点，此外该数据库还整合了TargetScan数据库信息。
它的主要优势在于预测circRNA与RBP或miRNA的结合情况，设计DivergentPCR引物，设计circRNA特异性的siRNA。




Tissue-Specific CircRNA Database（TSCD）数据库
TSCD是检索人和小鼠中组织特异性的circRNA信息的数据库，包括成人和胚胎的不同组织。
它基于ENCODE数据库和NCBIGEO数据库的RNA-seq数据，收集了成年人类16个组织，人类胚胎15个组织，小鼠9个组织中特异性表达的circRNA。




MiOncoCirc数据库
MiOncoCirc数据库是首个以临床肿瘤样本为基础的circRNA数据库，包含了2000多个临床肿瘤样本中的circRNA表达信息，收集了丰富的原位癌、转移癌及一些罕见癌症类型的circRNA表达数据。
由于其中的circRNA数据来源于临床肿瘤样本，因此能够更好地表征与癌症相关的真实的circRNA特征。


Cancer-Specific CircRNA Database（CSCD）数据库
CSCD也是一个肿瘤特异的circRNA数据库，由87个肿瘤细胞系中获得的228个RNA-seq数据整合而成，并整合了4种常用的circRNA分析算法的结果，目前包含272152个肿瘤特异性表达的circRNA信息。
该数据库主要优势在于circRNA数据量更加丰富，可根据肿瘤细胞系，基因名或亚细胞定位定向检索circRNA。也可获取检索到的与circRNA结合的miRNA，RBP及ORF（开放阅读框）等相关信息


exoRBase数据库
exoRBase数据库基于外周血中外泌体的RNA-seq数据库和已报道的相关文献资料中的数据，收集了包括circRNA，lncRNA和mRNA的表达数据，包括正常个体和多种疾病患者的RNA-seq数据。它可以检索多种疾病中分析人血液外泌体中某种circRNA，lncRNA或mRNA的表达水平，并获得可视化图形。


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