基于TCGA数据库的ceRNA网络构建

飞旋的秋秋

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基于TCGA数据库的ceRNA网络构建
本课程分为十部分，一共54期内容
第一部分，TCGA数据库介绍，表达谱数据下载及合并
1.第一期主要介绍TCGA数据库，以及如何从TCGA数据库下载RANseq数据和临床信息。
2.第二，三期主要讲解如何处理临床数据。
3.第四期讲解如何下载miRNA数据
4.第五期讲解如何通过R代码合并新版本TCGA表达矩阵
5.第六期讲解如何使用R的shiny包，生成一个带有图形用户界面的工具，零代码合并新版TCGA得到表达矩阵
6.第七期作为课程补充内容，讲解如何从miRbase获取人的所有miRNA名字。
7.第八期和第九期分别介绍如何在windows和Mac下安装R和Rstudio。

第二部分，使用R的shiny工具，零代码做TCGA数据差异表达分析
1.第一期，TCGA表达谱数据和样本类型文件准备。介绍DEApp工具。
2.第二期，讲解如何在DEApp工具中进行数据上传，表达谱归一化，PCA分析，基因过滤，差异表达分析，火山图，结果下载。
3.第三期，讲解DEApp中三种做差异表达分析的方法，limma，edgeR和DEseq2，结果比较。以及miRNA数据差异表达分析。

第三部分，韦恩图绘制
第一期：韦恩图绘制工具venndetail-界面介绍及文件导入
第二期：韦恩图绘制工具venndetail-绘制venn图详解
第三期：韦恩图绘制工具venndetail-绘制vennpie详解
第四期：韦恩图绘制工具venndetail-绘制upset图详解
第五期：本地venndetail使用

第四部分，使用R代码做TCGA数据差异表达分析
1.第一期，讲解过滤重复样本，过滤样本类型函数
2.第二期，讲解三种差异表达方法limma，edgeR和DEseq2，以及差异表达分析结果过滤函数。
会对差异表达基因做注释，将Ensembl基因ID转换成基因名字。添加基因的RNA类型(mRNA，lncRNA，pseudogene etc)，便于后续其他类型的分析(相关性分析，ceRNA分析 etc)。
3.第三期，采用TCGA真是数据，演示RNAseq数据及miRNA seq数据差异表达分析

第五部分，绘制火山图
1.第一期：详细讲解火山图该如何理解
2.第二期：绘制火山图时如何修改火山图主标题，副标题，脚注
3.第三期：绘制火山图时如何修改火山图X轴范围，Fold Change阈值，P值阈值，修改点大小，颜色（自定义颜色）和标签大小，如何隐藏标签
4.第四期：绘制火山图时如何修改火山图中点的形状（自定义形状），修改图注内容，风格和位置，用箭头标注点的名字，只标注感兴趣的点，用带方框的标签来标注点的名字

第六部分，GO和KEGG富集分析及绘图
第一期：GO介绍，GO富集分析结果解读，4种风格GO富集分析图如何看
第二期：R做GO富集分析
第三期：R绘制四种风格的GO富集分析图
第四期：KEGG介绍，R做KEGG富集分析
第五期：R绘制KEGG富集分析图，通路图（无Fold change）
第六期：R做KEGG富集分析，绘制KEGG富集分析图，通路图（有Fold change，通过差异表达分析获得。可以参考TCGA数据分析和GEO数据分析课程）

第七部分，使用DAVID网页工具进行GO和KEGG富集分析
第一期：DAVID网页工具简介及基因ID转换工具介绍
第二期：DAVID网页工具做GO和KEGG富集分析
第三期：Excel柱形图展示KEGG富集分析结果
第四期：Excel柱形图展示单个GO富集分析结果
第五期：Excel柱形图同时展示BP,MF,CC和KEGG富集结果
第六期：Excel一张图展示BP,MF,CC富集结果
第七期：R气泡图，柱形图分框同时展示BP,MF,CC富集结果
第八期：R气泡图，柱形图分颜色同时展示BP,MF,CC富集结果
第九期：R气泡图，柱形图展示KEGG富集结果
第十期：windows下如何安装R和Rstudio软件
第十一期：mac下如何安装R和Rstudio软件

第八部分，miRNA数据库简介及miRNA靶基因批量预测
1.第一节，介绍miRBase数据库，以及如何从miRBase数据库下载miRNA数据
2.第二节，介绍miRTarBase数据库
3.第三节，介绍miRcode数据库
4.第四节，介绍starbase(ENCORI)数据库，以及利用starbase预测miRNA-mRNA之间调控关系
5.第五节，利用starbase预测miRNA-lncRNA,miRNA-circRNA之间调控关系，以及其他RNA-RNA之间相互调控关系，还有ceRNA网络鉴定。
6.第六节，介绍starbase的pancancer功能，如何画基因表达箱型图，生存曲线以及表达相关性散点图
7.第七节，基于starbase所有的预测结果(已经帮大家下载好了人和鼠的所有预测结果，可以直接使用)，利用R代码批量预测miRNA-mRNA之间的调控关系
8.第八节，基于starbase所有的预测结果(已经帮大家下载好了人和鼠的所有预测结果，可以直接使用)，利用R代码批量预测miRNA-lncRNA，miRNA-circRNA之间的调控关系
9.第九节，介绍Targetscan数据库，如何查找miRNA的靶基因以及通过靶基因查找调控的miRNA
10.第十节，下载Targetscan预测结果以及注释文件
11.第十一节，基于Targetscan所有的预测结果，利用R代码批量预测miRNA-mRNA之间的调控关系

第九部分，如何使用R制作cytoscape构建ceRNA网络的输入文件
包括节点和边两个文件

第十部分，介绍如何使用cytoscape构建ceRNA网络并做相应分析
1.cytoscape的下载，安装，以及cytohubba和MCODE插件的安装
2.从文本文件导入网络和表格，设置节点和边的属性。根据不同的RNA类型，例如miRNA，lncRNA，mRNA分别设置不同的节点形状和颜色。
3.调节网络图的布局方式（layout）
4.利用cytohubba和MCODE插件分析网络图中的核心节点和核心子网络