十年环状RNA | 史上最全！数据库汇总

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十年环状RNA   史上最全！数据库汇总

数据库大观
功能统计
数据库王者
最新数据库
陈词总结

1  数据库大观

十年环状RNA研究，截至 2022年11月4日，可统计的环状RNA数据库资源总共包含44款。根据数据库收录的信息大概分成了以下几类：

• 功能数据库（生物学功能数据库，蛋白质翻译数据库）
• 疾病数据库（癌症数据库，其他疾病数据库）
• 转录与调控数据库（表达数据库，互作数据库，转录调控数据库，SNP与表型关联数据库等）
• 综合数据库
• 其他数据库



图中年份表示数据库发布环状RNA信息的年份

2  功能统计

随着环状RNA的研究日渐深入，包含各种信息的数据库也日益涌现。除了一些基本的信息（例如序列信息、宿主基因等），一些数据库还包含了与环状RNA功能相关的信息（例如miRNA调控、翻译潜能等）；当然，“批量下载”功能对于数据挖掘非常友好。


只有circBank与TransCirc包含m6A信息；CSCD以及CircRiC还包含了用药信息（图中未展示）；亚细胞定位首推RNAlocate，而CSCD也包含相关信息。

3  数据库王者

数据库对于后来的研究者是不可多得的资源，但不同的数据库命运却截然不同，一些被口口相传，而一些走着走着就没了~



好的资源与工具最主要是解决“用户需求”，然后是“用户体验”，当然一个好记的名字也非常关键。starBase（现在改名ENCORI，新名字没有旧名字响亮）作为知名的互作数据库经历了至少3次大的更新，涵盖的内容除了circRNA，还包含其他RNA分子。

4 最新数据库

2022年11月2日，哈尔滨医科大学生信信息与技术学院的赵红颖等人在NAR发布了LncTarD的最新版。相比第一版，新版本囊括了更多的数据资源，且收了环状RNA相关信息。


<hr/>陈词总结

虽然发布了这么多款环状RNA的数据库，然而通过对这些数据库资料整理和分析后，我认为现在环状RNA数据库仍然是稀缺的。归纳一下主要包含以下几个原因：
• 数据库为科研工作带来了极大的方便，所以大家热情不减，而目前可利用的数据库资源并不多，例如RNA修饰信息、药物研究信息等
• 好的数据库较少，大部分数据库发布之后就不再更新（占比32/44），而有些数据库可能只写了个名字，例如CCRDB
• 目前大部分数据库信息都是生信工具预测的信息，被实验支持的极少，例如环状RNA功能数据库
令人遗憾的是，一些常用的数据库circBase、circInteractome以及Circ2Traints都已经罢工；但这也为其他数据库提供了露脸的机会，这几款数据库最近一次更新是circBase于2017年的更新。
“江山代有才人出,各领风骚数百年”。随着环状RNA研究的日新月异，相信有更多好的数据库涌现。