GeneCards数据库详解

李柏呈

GeneCards数据库连接传送门如下
<hr/>在进行基因相关的研究和探索时，我们常常遇到很多问题。比如基因与蛋白质之间的相互作用、基因在不同组织细胞中表达的情况、基因与疾病预后的相关性、某一基因最前沿的研究进展……我们可以用NCBI数据库看基因的序列，去uniprot查看基因的蛋白功能，而有一个数据库堪称“基因数据库的集大成者”，那就是我们今天要介绍的“Genecards 数据库”。
      Genecards是一个可搜索基因的综合数据库，在这里我们可以获取到几乎所有的已知的人类基因的信息。Genecards自动整合来自约150个以基因为中心的数据库的资源，包括基因组学、转录组学、蛋白质组学、遗传学、临床和功能等多方面的信息。

如何使用数据库





Genecards 的基因信息检索包括以下三种模式：

• 快速检索模式；
  
• 高级检索模式；
  
• 基因检索模式。
  

      接下来，我们将以LAYN这个基因为例，逐一举例演示。
      一、快速检索模式
      快速检索模式包括“关键词“、”基因名“、”基因名/别名“、”基因名/别名/标识符“四种检索方式，这里以”关键词“为例进行演示，其余的三种也并不复杂，大家可以自己探索。



      在检索框中输入”LAYN“，然后点击检索按钮，即可获取到所有包含”LAYN“字眼的基因卡，也就是说，检索结果中不仅包含了”LAYN“基因本身，也包括了信息当中提到了”LAYN“的其他基因。



      从左到右分别是：第一列基因名称；第二列基因全程；第三列基因类目；第四列的GIFtS 是指Genecards 对基因功能预测程度的评分，分数越高，表示功能注释信息越多；第五列是基因在Genecards中的编号；第六列的Score反应的是该条检索结果与检索条目的相关性，分数越高，说明检索结果与检索关键词越相符。
      点击检索结果前面的“+“号，可以看到更详细的检索结果。结果中”LAYN“被标红显示，而蓝色的字为超链接，如果需要了解更详细的相关内容，可以点进相应链接。



      此外，我们还可以检索其他关键词，比如“cancer“等，也可以通过检索词的组合，实现精确检索，例如布尔检索式——Genecards 支持AND和OR两种运算，当输入多个词时，默认为AND关系，比如检索”LAYN gastric”，和检索“LAYN AND gastric”得到的是同样的结果。比如，如果要检索LAYN基因相关的lncRNA和假基因，可以输入” (lncRNA OR pseudogene) AND LAYN“（注意这里的lncRNA OR pseudogene需要用括号括起来，因为默认情况下AND是优先于OR的）。






二、高级检索模式

      点击“Advanced“进入高级检索模式后，我们会看到两个条件检索栏。这里仍然以检索” LAYN基因相关的lncRNA和假基因“为例。高级检索模式的检索策略与其他许多数据库的类似，即通过AND或OR连接不同级别的检索词，在Section中可以筛选期望检索词出现在哪一信息板块。而上方有一栏检索词会随着我们的输入和设置进行自动变换，方便我们更直观地查看自己的检索策略。
      看到这里你可能已经发现，高级检索模式比快速检索模式更“高级“的功能即在于”检索模块“的限定上，所以当情况更为复杂时，就可以借助高级检索模式。



三、基因检索模式





这一检索模式更为简单直接，是以基因名称来直接检索。检索得到的界面如下图，其中基因卡的各栏目就是最核心的部分。




      由于数据库是全英文的，为了方便大家更快上手使用，下面这个表格整理了各个栏目所包含的核心内容。

Aliases	名称和别称
Disorders	基因相关的疾病
Domains	家族成员、功能结构域
Drugs & Compounds	基因相关的药物或化合物及其信息
Expression	基因在正常组织/细胞中的表达、共表达基因
Function	蛋白功能（包括疾病、表型等）、动物模型、靶向基因的miRNA
Genomics	基因序列、大小、定位、调控元件（启动子、增强子）、转录因子等
Localization	基因表达的亚细胞定位
Orthologs	直系同源基因
Paralogs	旁系同源基因
Pathways & Interactions	基因相关的信号通路、相互作用分子
Products	基因相关的商业化产品
Proteins	蛋白氨基酸序列、结构、剪接异构体、翻译后修饰等
Publications	已发表文献
Sources	基因信息来源
Summaries	基因概况小综述，包括功能、表型、机制等信息
Transcripts	不同转录本的mRNA和cDNA序列、基因编辑相关产品
Variants	SNP、拷贝数变异及影响

     以上就是对Genecards数据库的介绍和使用指南，如果你有对基因信息检索的相关需求的话，就赶紧进入数据库实操试试看吧！