玩转冷热肿瘤，得有神器！——手把手教你用TIGER数据库 ...

经典故事

撰写：生信小师妹 来源：小张聊科研平台的“ i生信”公众号，微信公众号搜索“ i生信”即可关注/扫描关注见文末
#生信分析# #冷热肿瘤# #公共数据库# #肿瘤免疫#
前段时间给大家分析了一个免疫治疗数据库-ICBatlas数据库（免疫治疗研究，这个宝藏数据库你一定要用！），近期小编又挖到了一个超级好用的数据库-TIGER数据库，无需注册，分析免费，功能齐全！这个良心数据库，小编墙裂推荐！
数据信息及功能概览
TIGER数据库（//http://tiger.canceromics.org/）包含了1508个有临床免疫治疗信息的肿瘤样本（8种癌症）和11,057个没有免疫治疗信息的肿瘤/正常样本（33种癌症）的bulk RNA数据，以及655个样本（25种癌症）中2,116,945个免疫细胞的单细胞转录组数据。还从已发表的肿瘤免疫研究中收集了31个免疫治疗相关的CRISPR screening数据集。



TIGER将收集的数据整合到四个模块中：单细胞免疫（Single-cell Immunity）、免疫治疗响应（Immunotherapy Response）、响应标签（Response Signature）和免疫筛选（Immune Screening）。用户可以通过这四个模块对数据进行深入的挖掘和结果展示。



功能模块使用指南
（1）Single-cell Immunity
该模块提供了丰富的scRNA-seq分析功能，包括数据概览、细胞类型标记、差异表达分析、相关性分析、轨迹分析和细胞-细胞通信。
首先用户需要选择要研究的癌种和特定数据集，然后在Overview模块中查看该数据集详情（包括样本数，鉴定到的细胞类型，细胞群的细胞数，以及细胞亚群组成和占比）



在Cell Type Marker模块中，用户可以选择主要的细胞类型和基因，查看每个子簇的基因表达情况，并筛选出该细胞子簇的高表达基因作为潜在标记基因。



在Differential Expression Analysis模块中，用户可以选择细胞群和基因，查看各亚群在正常和肿瘤组织中的差异表达基因和差异基因的功能富集评分。



在Co-expression Analysis模块中，用户可以选择细胞类型和基因来查看两者之间的相关性。



在Trajectory Analysis模块中，用户可以选择基因来查看各个主要细胞类型的子簇的分化以及所选基因在分化轨迹中的表达情况。



在Cell-Cell Communication模块中，用户可以浏览交互热图，点击感兴趣的互作细胞群，查看受体-配体对的详细信息。



（2）Immunotherapy Response
该模块提供了对bulk RNA基因表达数据与临床免疫治疗信息的分析功能，包括差异表达分析、生存分析、基因集查询。在交互式热图中，用户可以点击图中的单元格了解详细信息，如生存分析以及所选基因在应答者和非应答者之间或治疗前后的表达差异。



（3）Response Signature
该模块利用从文献中收集的已知免疫治疗响应signatures，提供分析功能，探索癌症免疫疗法。分析项包括生物标志物分析和治疗响应预测。
在Biomarker Analysis模块中，用户可以利用基因表达数据与免疫治疗临床信息检索已知免疫治疗signatures在23个独立数据集中的预测性能，可以探究关注的基因与已知signatures的相关性，以及将自己筛选到的生物标记物的表现与已知的免疫治疗反应signatures进行比较。



在Response Prediction模块中，用户可以通过将公开的基因标签应用于自己提供的基因表达谱数据来预测患者的免疫治疗反应。



（4）Immune Screening
该模块将所有CRISPR screening数据集基本信息显示在一个表格中，信息包含“数据集ID”、“文章标题”、“PMID”、“癌症类型”等等，点击ID即可查询该数据集基因表达信息。



最后，用户可以通过Search模块搜索感兴趣的基因，快速获得上述四个模块的全面分析结果。
小编有话说
目前，已有很多用于免疫治疗研究的生信分析工具（如CibersortheTCIA、TIMER和ImmuCellAI等），也有越来越多的数据库（如TISCH，Single-Cell Portal，ICBatlas）为我们提供在线免疫治疗数据挖掘。相信随着癌症免疫治疗数据集的迅速增加，后续会有越来越多的分析神器及更高质量的数据库为免疫治疗研究助力！后续小编会持续关注，为大家提供更新更给利的免疫治疗研究工具。
原文链接：