不会使用MSigDB数据库下载数据？快来看这里

胡新民

不知道小伙伴们有没有知道要下载的数据名称确不知道在哪下手，或者知道是哪个数据库但是就是不会使用的尴尬境地，生信分析的数据库更是多种多样，最近小果观察到有小伙伴不会使用MSigDB数据库下载想要的数据，今天小果来教大家使用MSigDB数据库进行数据下载。今天的分享有两小部分，一部分是简单认识MSigDB数据库，另一部分是使用MSigDB数据库下载数据。
一、简单认识MSigDB数据库
MSigDB全称为The Molecular Signatures Database，中文翻译过来是分子标签数据库，是一个由数万个注释基因集的资源，用于GSEA软件，分为人类和鼠的集合。
二、使用MSigDB数据库下载数据
小果以下载内质网应激相关基因集为例，进行下载演示GOBP_RESPONSE_TO_ENDOPLASMIC_RETICULUM_STRESS
1.进入MSigDB官网，网址为：https://www.gsea-msigdb.org/gsea/msigdb，看到下图呢就是进入到了MSigDB数据库网站。


2.点击search，在search页面,此时会出现一个登录页面，需要填写邮箱进行登录。在这里小果使用自己的邮箱进行登录，小伙伴们可以填写自己的邮箱进行登录，但前提是已经在此数据库中注册过才可以。


3.输入邮箱登录后，就能正常进入search页面，正常页面是这样的。


此时我们在Keywords下的搜索框中输入要查找的基因集名称，在这里小果输入GOBP_RESPONSE_TO_ENDOPLASMIC_RETICULUM_STRESS，点击search，进行查找。
4.查询结果页面如下


点击基因集名称，进入基因集详情页面，点击Download gene set条目，下载格式有grp、gmp、xml、json和TSV metadata，这里小伙伴可以选择xml和TSV metadata两种格式，都可以用excel打开，这里小果下载TSV metadata格式，数据就自动下载到本地了。


5.打开下载的文件，结果是这样的。


好了，到这里呢小果的MSigDB数据库数据下载演示就到此结束了，小伙伴快去试试看吧。
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